EM菌に含まれる微生物の解析ー細菌類ー

※糖蜜培地は、対照実験（ブランク：EM1添加なし）です。 

【EM1活性液の微生物解析】

 Part1 細菌のメタ16SrRNA解析結果

（V3-V4領域アンプリコンシーケンス）

［イルミナ社：NGSの新たな利用法 16S rRNAメタゲノム解析のポイント プロトコールのご紹介　より］

・プライマー結合位置

・プライマー配列

V3-V4_F：

TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAGCCTACGGGNGGCWGCAG

V3-V4_R：

GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAGGGACTACHVGGGTWTCTAAT

※「N」はA,C,G,Tの混合

　「W」はA,Tの混合

　「H」はA,T,Cの混合

　「V」はA,C,Gの混合

・PCR条件

DNAポリメラーゼ：KAPA HiFi HotStart ReadyMix

（解析委託業者の報告レポートより） 

NGS解析には各左端のレーンのPCR産物を使用した。

・NGS解析

PhiX：25%添加

（ライブラリーの配列の偏りを緩和するためにPhiXを添加）

シーケンサー：MiSeq（イルミナ社）

・解析パイプライン

QIIME：詳細なパラメータ設定は省略

【解析結果】

※存在比率の数字：

赤色=EM1添加で顕著に増えた細菌

茶色=糖蜜培地と共通（糖蜜由来）

緑= EM1添加で顕著に減った糖蜜由来の細菌

【EM1活性液中の細菌リスト】上位20　

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【糖蜜培地中の細菌リスト】（上位20）

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【EM1活性液で増えた細菌リスト】上位10　

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【EM1活性液で減った細菌リスト】上位10

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【解析費用】