EM菌に含まれる微生物の解析ー真菌類ー

※糖蜜培地は、対照実験(ブランク:EM1添加なし)です。

 

【EM1活性液の微生物解析】

 Part2 真菌のメタITS解析結果

(ITS2領域アンプリコンシーケンス)

・ITS領域の解説

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・プライマー結合位置

真核生物: 18S rDNA – ITS1 – 5.8S rDNA – ITS2 – 28S rDNA

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・PCR条件

DNAポリメラーゼ:MightyAmp™ DNA Polymerase Ver.3

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(解析委託業者の報告レポートより) 

NGS解析には各左から2番目のレーンのPCR産物を使用した。

・NGS解析

シーケンサー:MiSeq(イルミナ社)

PhiX:25%添加

(ライブラリーの配列の偏りを緩和するためにPhiXを添加)

 

・解析パイプライン

QIIME:詳細なパラメータ設定は省略

 

【解析結果】

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※存在比率の数字

赤色=EM1添加で顕著に増えた真菌

茶色=糖蜜培地と共通(糖蜜由来)

= EM1添加で顕著に減った糖蜜由来の真菌

 

【EM1活性液中の真菌リスト】上位6

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【糖蜜培地中の真菌リスト】(上位10)

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【EM1活性液で増えた真菌リスト】上位5 

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【EM1活性液で減った真菌リスト】上位5

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【解析費用】

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