EM菌に含まれる微生物の解析ー真菌類ー
※糖蜜培地は、対照実験(ブランク:EM1添加なし)です。
【EM1活性液の微生物解析】
Part2 真菌のメタITS解析結果
(ITS2領域アンプリコンシーケンス)
・ITS領域の解説
・プライマー結合位置
真核生物: 18S rDNA – ITS1 – 5.8S rDNA – ITS2 – 28S rDNA
・プライマー配列
fITS7:
TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAGGTGAATCATCGARTCTTTG
ITS4:
GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAGTCCTCCGCTTATTGATATGC
・PCR条件
DNAポリメラーゼ:MightyAmp™ DNA Polymerase Ver.3
(解析委託業者の報告レポートより)
NGS解析には各左から2番目のレーンのPCR産物を使用した。
・NGS解析
シーケンサー:MiSeq(イルミナ社)
PhiX:25%添加
(ライブラリーの配列の偏りを緩和するためにPhiXを添加)
・解析パイプライン
QIIME:詳細なパラメータ設定は省略
【解析結果】
※存在比率の数字
赤色=EM1添加で顕著に増えた真菌
茶色=糖蜜培地と共通(糖蜜由来)
緑= EM1添加で顕著に減った糖蜜由来の真菌
【EM1活性液中の真菌リスト】上位6
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【糖蜜培地中の真菌リスト】(上位10)
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【EM1活性液で増えた真菌リスト】上位5
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【EM1活性液で減った真菌リスト】上位5
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【解析費用】