EM菌に含まれる微生物の解析ー細菌類ー

※糖蜜培地は、対照実験(ブランク:EM1添加なし)です。 

 

【EM1活性液の微生物解析】

 Part1 細菌のメタ16SrRNA解析結果

(V3-V4領域アンプリコンシーケンス)

 

f:id:warbler:20181212104641p:plain

[イルミナ社:NGSの新たな利用法 16S rRNAメタゲノム解析のポイント プロトコールのご紹介 より]

 

・プライマー結合位置

f:id:warbler:20181212105523p:plain

・PCR条件

DNAポリメラーゼ:KAPA HiFi HotStart ReadyMix

f:id:warbler:20181212110108p:plain

f:id:warbler:20181213092300p:plain

(解析委託業者の報告レポートより) 

NGS解析には各左端のレーンのPCR産物を使用した。

 

・NGS解析

PhiX:25%添加

(ライブラリーの配列の偏りを緩和するためにPhiXを添加)

シーケンサー:MiSeq(イルミナ社)

 

・解析パイプライン

QIIME:詳細なパラメータ設定は省略

 

【解析結果】

f:id:warbler:20181206203149p:plain

f:id:warbler:20181206203309p:plain

 

f:id:warbler:20181206203235p:plain

f:id:warbler:20181206203459p:plain

 

※存在比率の数字:

赤色=EM1添加で顕著に増えた細菌

茶色=糖蜜培地と共通(糖蜜由来)

= EM1添加で顕著に減った糖蜜由来の細菌

 

【EM1活性液中の細菌リスト】上位20 

f:id:warbler:20181206203326p:plain

(↑クリックで拡大)

 

【糖蜜培地中の細菌リスト】(上位20)

f:id:warbler:20181206203805p:plain

(↑クリックで拡大)

 

f:id:warbler:20181206203538p:plain

【EM1活性液で増えた細菌リスト】上位10 

f:id:warbler:20181206204020p:plain

(↑クリックで拡大)

 

f:id:warbler:20181206203604p:plain

【EM1活性液で減った細菌リスト】上位10

f:id:warbler:20181206204128p:plain

(↑クリックで拡大)

 

【解析費用】

f:id:warbler:20181212121418p:plain