若山さんの記者会見（2014/6/16）の配布資料にあるPCR解析データ

2014年6月16日の若山さんの記者会見で配布された資料にある、遺伝子解析データです。
（会見後、この解析をした第三者機関は、放射線医学研究所であると判明）
解析に使用したPCRプライマーのDNA配列はまだ未公表です。

若山さんと理研CDBから、より詳しい情報が出されましたのでその部分を書き換えました。(2014/07/22)
http://www.ccn.yamanashi.ac.jp/~twakayama/LSHP/press20140722.pdf
http://www.riken.jp/~/media/riken/pr/topics/2014/20140616_2/20140616_2_2.pdf

＜現在までに分かった事＞

以下の各DNA電気泳動で使用しているDNAサイズマーカー(M)は、100bp ladder

［18番染色体に挿入遺伝子が存在するか？］

18番染色体に挿入遺伝子を持つマウス(129B6F1)から作製したES細胞は、元マウスと同じ18番染色体に挿入遺伝子をホモで持つが、同じマウスから作製したはずのSTAP-SC FLSは、この位置に挿入遺伝子を持たない。（＝元マウスとは別系等と判明）

［15番染色体に挿入遺伝子が存在するか？］

STAP-SC FLSは、15番染色体に挿入遺伝子をヘテロで持つと解釈された。
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しかし、STAP-SC FLSの由来を解明する目的で遺伝子挿入部位の解析を進めたところ、挿入された遺伝子にはCAG-GFPの他に
［acrosinプロモーター（15番染色体あるDNA配列）］−［GFP遺伝子］
という構成をもっていることが判明したので、PCRは挿入遺伝子中の15番染色体のDNA配列が増幅されたと考えられる。

（補足：[acrosinプロモーター][GFP]と[CAG][GFP]が繰り返し並んで挿入されていると考えられるが、その並び順と挿入された染色体番号はまだ不明）

よって、遺伝子挿入位置が15番染色体とは限らず、挿入位置は不確定となった。
(注：挿入位置は不確定となったが、元マウスとは別系等であることは確定済み)
現在、何番の染色体にどの様な形で入っているのか解析が進められている。

［STAP-SC FLS のCAG-GFP遺伝子の入り方について］

CAG-GFPが並んでいる場合にできる、[CAG][GFP]−[CAG][GFP]の連結部分のDNA配列を増幅する設計のプライマーを用いて、単独に入っているのか、複数並んで入っている（タンデムに入っている）のか調べた結果。
CAG-GFPをタンデムにもつポジティブコントロールとして、CAG-EGFP TG mouse blood(SLC)を使用。

STAP-SC FLSにはCAG-GFPが4つ以上並んで入っており、短いバンドがあるので一部のCAG-GFPの配列に欠損があると推定された。（他の細胞はCAG-GFPを１つしか持たないので、増幅したバンドは得られていない）
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しかし、CAG-GFPの他に［acrosinプロモーター（15番染色体あるDNA配列）］−［GFP］
という構成をもっていると判明したので、短いバンドはCAG-GFPの配列の欠損ではなく、CAG-GFPとは別にGFP遺伝子を含む配列が加わったことが原因かもしれない。

第三者機関による解析の結果、次の様に考えられたが、STAP-SC FLS（薄青色の背景）に関する情報は不確定になった。
※ただし、STAP-SC FLSのGFP遺伝子挿入位置は、作製に使用したはずのF1マウスとは異なる。

※STAP-SC FLSは15番染色体に挿入遺伝子を持つかどうか不確定になったことから、PCR解析ではまだ判定できないが、STAP-SC FLSから作製したマウスの子孫にGFPを持たないマウスができたことから、挿入遺伝子をヘテロに持つと推定される。